咬合不正的缺點如下：
1咀嚼功能障礙
咬合不正的患者會因為上下牙齒的嵌合度差，食物未能完全磨碎就直接吞下，影響胃腸器官的消化吸收。
2高蛀牙率
不整齊的牙齒容易堆積食物殘渣，隱密處也難以清潔，增加蛀牙發生率，口臭、牙周症狀增加。
3引起牙周病
食物渣塞在牙縫間，清潔不易，容易讓牙齦發炎，甚至變成牙周炎。
開咬：因咬合不正而閉口困難的患者，由於牙齦長期接觸空氣，容易導致牙齦乾燥和牙齦炎。
深咬：深咬併上顎前突或下顎後縮的患者，因門牙太過前突，會使下門牙咬在上門牙內側的牙齦上，長期下來會引起上門牙牙齦萎縮。
錯咬：牙齒一内一外錯咬，咬合力過度集中在某些牙齒上，導致這些牙齒出現外傷性咬合，然後外傷性咬合的力量傳達到牙周組織，進而出現牙齦萎縮、齒槽骨流失等牙周病徵兆。
4發音學習障礙
咬合不正可能會影響發音的正確性，特別是需要牙齒輔助的發音如：ㄙ、ㄈ等等。
5阻礙顎骨的正常發育
左右兩側咬力不均，長期下來會讓人下意識只使用一邊咀嚼，影響顎骨的發育。
6假牙製作困難
假牙需和現存的牙齒及牙周組織合為一體，因為咬合不正而變得歪斜的牙齒，會讓假牙製作變得困難，外觀也不佳，且因為咬合方向錯誤，會使假牙承受不當方向的咬合力，讓假牙搖晃，縮短使用年限。
7容易造成前齒外傷斷裂
前凸的門牙經常會在人受到外傷碰撞時，提前受到撞擊，掉落或斷裂的機率更高。
8顳顎關節障礙症
顳顎關節連接下顎骨與頭顱，左右各一，位置在左右耳朵前方，上下牙齒的咬合與下巴活動都與顳顎關節有著密切的關係，若咬合不正，則上下牙齒咬合時與開口閉口的過程，會受阻礙而發生不平順的現象，引發一連串顳顎關節障礙症。
9口腔黏膜易受傷
比較前突的暴牙或是排列偏離到正常齒槽脊之外的牙齒，周圍的口腔黏膜在外傷性破壞當中，受傷比例也會較高。
10 心理障礙
根據調查顯示，學生在學校裡容易因外觀不佳（如暴牙、肥胖、戽斗等）遭受霸凌。咬合不正再加上發音學習障礙，不僅容易引來嘲笑，本身也會開始感到自卑緊張、壓抑焦慮，造成心理上的問題。
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